Le bâton doit son nom au site où on l’a découvert.

Ishango se trouve au Congo, à 15 km de l’équateur, sur la rive du lac Édouard. Ce grand lac d’Afrique centrale, une des sources du Nil, s’étend sur 77 km de long et 42 de large.

La région est proche du Parc national des Virunga et de la frontière Congo - Ouganda.

Aux environs, les neiges éternelles du Ruwenzori culminent à 5.109 m.