Die anthropologische Sammlung umfasst größtenteils prähistorische menschliche Überreste, die in Belgien und in der Demokratischen Republik Kongo entdeckt wurden. Unsere Neandertaler von Spy, die 1886 ausgegraben wurden, sind hierbei wohl die bekanntesten Kleinodien. Außerdem verfügen wir über Sammlungen mit Knochen, die von mittelalterlichen und neueren Fundstätten stammen, zwei Serien mit Skeletten, deren Alter und Geschlecht bekannt sind, sowie eine Referenzsammlung mit Knochen aus verschiedenen geografischen Regionen. Die anthropologische Sammlung umfasst ferner anatomische Abgüsse, die von historischem und wissenschaftlichem Interesse sind.