Le Conseil de Direction est chargé de la gestion journalière de l’Institut. Par ailleurs, le Directeur de l’Institut est membre de plein droit du Comité de Direction du SPP Politique scientifique fédérale.
L'Institut royal des Sciences naturelles de Belgique est une institution de l'Etat fédéral belge. Il fait partie du Service Public Fédéral de Programmation Politique Scientifique - Services du Premier Ministre.
Il développe d'importantes activités de recherche scientifique, il effectue des missions de service public et il s'ouvre à tous à travers le Muséum des Sciences naturelles.