L'Institut entretient en Belgique de nombreuses collaborations fructueuses avec les pouvoirs publics, les établissements de recherche, les musées, ainsi que des ASBL et ONG actives dans les domaines de l'éducation et de la science. Les partenariats portent, entre autres, sur les projets de recherche, les grands travaux de restauration du Muséum, la gestion du navire de recherches océanographiques Belgica et les expositions itinérantes. Voici un aperçu de ces partenaires belges.