Comment numériser les collections de sciences naturelles ?

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Scorpion pictured in UV fluorescence. Focus stacking image.
23/07/2020
Comment numériser les collections de sciences naturelles ?
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Siska Van Parys

Les chercheurs de l'Institut royal des sciences naturelles de Belgique et du Musée royal de l'Afrique centrale ont créé un manuel pour la numérisation des collections de sciences naturelles. Et cela peut se faire littéralement de cinquante manières différentes, avec une cinquantaine de nuances supplémentaires. Un guide.

En numérisant en 2D et/ou en 3D des pièces de musée et en les publiant en ligne, on les rend accessibles aux chercheurs du monde entier. Grâce aux images haute résolution, les spécimens ne doivent plus quitter le dépôt du muséum avec ses conditions de conservations idéales. De plus, ils ne risquent pas d’être endommagés par la manipulation et le transport.

Par la même occasion, on prolonge la "vie" de ces animaux, fossiles ou échantillons géologiques collectés, au-delà de l’éventuelle disparition de l’objet physique. Pensez notamment aux millions de spécimens qui ont été perdus à jamais dans l'incendie du Musée d'histoire naturelle de Rio en 2018.

Pas une sinécure

Les spécimens d'histoire naturelle sont soit épinglés ou empaillés, soit placés sur une lame de microscope ou encore conservés dans une solution d'éthanol. Ils sont parfois colorés, parfois translucides, ou même parfois très brillants. Photographier avec succès une telle diversité n'est pas chose facile. Chaque type d'objet nécessite dès lors une approche sur mesure.

Avec ce manuel, nous proposons un aperçu des différents moyens possibles pour numériser les spécimens d'histoire naturelle et les objets du patrimoine. Nous avançons les avantages et les inconvénients de chaque technique et indiquons pour quel type d'objet elle convient le mieux", explique Jonathan Brecko (IRSNB/MRAC).

Le livre est facilement accessible et s'adresse également à des lecteurs lecteurs sans connaissances préalables qui souhaiteraient démarrer un projet de numérisation. De cette façon, nous indiquons notamment les coûts de différentes techniques et des workflows qui permettront aux lecteurs de se mettre au travail de manière très concrète.

Je vois ce que vous ne voyez pas

En outre, l'imagerie numérique permet aux chercheurs de recueillir de nouvelles informations sur le spécimen qui ne peuvent être déduites à partir de l'original. Sur un modèle 3D, par exemple, il est beaucoup plus facile de visualiser les structures spatiales et on peut y calculer les surfaces et l’épaisseur des matières. Ces nouvelles techniques de recherche n'étaient pas possibles avec les "vrais" objets", explique Aurore Mathys (IRSNB/MRAC). Récemment, nous avons notamment découvert un serpent rare à l’intérieur d’un autre serpent rare.

Un autre exemple est la photographie multispectrale. Il s’agit de photographier un objet en faisant varier la longueur d’onde de la lumière sous laquelle il est exposé. Par exemple, avec des rayons UV et infrarouges", explique M. Mathys. Cela permet de voir des éléments qui sont invisibles à la lumière blanche normale, comme les moisissures ou l'humidité, les restaurations antérieures ou la composition des matériaux et des couches de peinture dans le cas d’objets du patrimoine".

En ligne

De nombreux spécimens de nos collections - en particulier les holotypes (les spécimens sur la base desquels une nouvelle espèce a été décrite) – ont déjà été numérisés par l'équipe de numérisation. Vous pouvez les consulter en ligne sur virtualcollections.naturalsciences.be.

Le manuel lui-même est disponible gratuitement et a été publié dans la série Collection Management du European Journal of Taxonomy, qui est publié par notre Institut, entre autres.

Voici des techniques qui ont été évaluées, perfectionnées et comparées :

  1. Focus stacking
  2. ZooSphere and DISC3D
  3. RTI and Portable Light Dome
  4. Structure from Motion
  5. Structured Light Scanning
  6. Laser Scanning
  7. Infrared Depth Sensor
  8. Multispectral imaging
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