Les collections archéologiques proviennent essentiellement de fouilles réalisées dans les sites préhistoriques de Belgique durant la seconde moitié du 19e siècle et durant le 20e siècle par les chercheurs de l'IRSNB. Elles comprennent également les collections archéologiques provenant des fouilles réalisées par l'IRSNB en République Démocratique du Congo pendant la période coloniale. Enfin, quelques objets ethnographiques et des spécimens ayant fait l'objet d'échange ou de dons complètent la collection.