Les espèces indigènes voient leur aire de répartition fortement réduite du fait de la concurrence des espèces exotiques. Certaines de celles-ci se développent même jusqu’à devenir un véritable fléau, on parle alors d’espèces invasives. C’est le cas de la crépidule, arrivée avec les huîtres d'Amérique à la fin du XIX^e siècle, qui est devenue une véritable nuisance pour l'ostréiculture locale. Dans la mer du Nord, on ne connaît cependant pas encore d'espèce ayant disparu en conséquence de l'introduction d'une espèce exotique – ce qui est toutefois bien le cas dans les eaux douces et les estuaires. La reproduction de nos espèces peut également être mise en danger par des espèces exotiques. Ainsi, quand le homard américain et le homard européen se reproduisent entre eux, leur progéniture est stérile.

Les espèces exotiques devraient pouvoir accroitre la biodiversité. Mais les nouveaux venus sont généralement des espèces à forte prolifération, plus résistantes aux perturbations et à la pollution. Elles s'acclimatent parfaitement aux zones portuaires et côtières avec des substrats durs artificiels et dans les régions appauvries par la pression de la pêche. On assiste ainsi mondialement à la menace d’un nivellement et d'une uniformisation de la faune et de la flore marines. Donc, même si de nouvelles introductions induisent localement une plus grande diversité des espèces, il peut en résulter un appauvrissement de la biodiversité au niveau mondial.

Il existe également un réel danger que les espèces exotiques apportent toutes sortes d'organismes et de maladies, contre lesquels les espèces indigènes sont démunies. Ainsi, les huîtres du Japon ont introduit un parasite unicellulaire néfaste pour les huîtres indigènes. Les espèces de phytoplancton introduites peuvent provoquer la prolifération d'un plancton toxique rendant les huîtres et les moules impropres à la consommation.