De Directieraad staat in voor het dagelijks bestuur van het Instituut. Daarnaast is de Directeur van het Instituut van rechtswege lid van het Directiecomité van de POD Wetenschapsbeleid.

De beheerscommissie van de Pool Natuur, die het KBIN en het Koninklijk Museum voor Midden-Afrika omvat, is verantwoordelijk voor het financieel en materieel beheer van het KBIN. 

De Wetenschappelijke Raad geeft advies over zaken van wetenschappelijke aard die een impact hebben op het volbrengen van de taken van het Instituut.