Goedkopere en betere methode om collecties te digitaliseren

De kop van een wesp in detail.
09/01/2015
Goedkopere en betere methode om collecties te digitaliseren
post by
Reinout Verbeke

Een team van ons Instituut heeft een betere manier gevonden om kleine specimens te digitaliseren. De opstelling levert scherpere beelden dan commerciële gespecialiseerde toestellen en is tot tien keer goedkoper. ‘Natuurhistorische musea over de hele wereld zijn hun collecties aan het digitaliseren. Vaak een werk van lange adem. Het is daarom zaak om meteen de meest kwalitatieve methode te kiezen’, zegt bioloog Jonathan Brecko.

Brecko staat bij een witte Ikea-kast, waarin bovenaan een uitsparing is gemaakt voor een digitale camera. In het kastje: een plaat van plexiglas en twee flitslichten. Het geheel is een zogenoemd focus stack-apparaat waarbij je specimens van enkele millimeter tot een paar centimeter, zoals insecten, kunt fotograferen met bij elke foto een ander gebiedje in focus: eerste scherpstellen op de kop, bijvoorbeeld, daarna op het lijf en dan op de poten. Vervolgens worden alle foto’s in een softwareprogramma ‘gemengd’ tot één beeld waarbij alles, tot de kleinste haartjes toe, scherp is.

Deze doe-het-zelfopstelling leverde volgens een uitgebreide vergelijkende test een even goed tot beter resultaat op dan de commerciële ‘focus stack’-toestellen op de markt, en ze kost bovendien acht tot tien keer minder: ongeveer 3.000 euro. ‘Je kunt dus voor één commercieel toestel tien van onze opstellingen tegelijk aan het werk zetten, en veel sneller collecties digitaliseren’, zegt Brecko. ‘En als de camera of de lens stuk is of verouderd, vervang je hem gewoon, wat met de commerciële toestellen veel duurder is.’ En deze opstelling is ook ideaal om specimens in alcohol en microscopische plaatjes mee te fotograferen.

Nog 199.700 te gaan

Brecko werkt zowel voor ons Instituut – op de Wetenschappelijke Dienst Patrimonium – als voor het Koninklijk Museum voor Midden-Afrika in Tervuren, beide federale instellingen met een enorme collectie, waarvan een deel gedigitaliseerd moet worden. ‘We willen hier in het KBIN 200.000 ‘typespecimens’ of types digitaal beschikbaar maken in ultrahoge resolutie’, zegt Brecko. Types zijn de specimens op basis waarvan een soort voor het eerst is beschreven, wetenschappelijk gezien de meest waardevolle dus. ‘Nadat ze digitaal beschikbaar zijn, hoeven we die vaak heel broze specimens niet steeds op te sturen, of hoeven onderzoekers geen halve wereldbol af te reizen om ze te komen bekijken. En hoe meer soorten online komen in hoge resolutie, hoe meer het taxonomisch onderzoek wordt opengetrokken. Ik verwacht heel wat beweging in het vakgebied: soorten waarvan men niet meer wist dat ze in de collecties zaten, verkeerd geklasseerde soorten, claims van nieuwe ontdekkingen die er geen blijken te zijn, enzovoort.’

De medewerkers zijn pas gestart met de insecten, en intussen staan 190 typespecimens uit de mierencollectie en 45 typespecimens vlinders op de server. ‘We kunnen er – afhankelijk van het aantal zichten per specimen - 15 tot 60 per dag doen’, zegt Brecko. ‘Dus we hebben heel wat extra mankracht nodig om aan 200.000 te komen.’ En dat is nog maar een fractie van de totale collectie, die 37 miljoen specimens telt. In de wachtrij voor het digitaliseringsapparaat: kleine zoogdieren uit het tertiair, recente ongewervelden uit Antarctica en kunstvoorwerpen uit de prehistorie. Die laatste zul je kunnen bewonderen in onze Galerij van de Mens, die in mei 2015 opent, en in een virtueel museum over prehistorische kunst in België.

Kwaliteit boven kwantiteit

De goedkopere digitaliseringsmethode wordt uitgebreid beschreven in het open-access vaktijdschrift ZooKeys. Brecko: ‘Enkele musea en universiteiten toonden al interesse, en het natuurhistorisch museum van Berlijn is, na een bezoek hier, een gelijkaardig model aan het testen. Veel natuurhistorische instituten digitaliseren al aan de lopende band, maar de foto’s zijn vaak niet kwalitatief genoeg om taxonomisch onderzoek op te doen. Wij vonden het belangrijk om een eerst de meest waardevolle methode te kiezen waarmee we de klus de komende jaren willen klaren.’


Bekijk een reeks haarscherpe testfoto’s door op het beeld bovenaan te klikken.

 

Het vergelijkend onderzoek van Jonathan Brecko en collega's vond plaats in het kader van het Agora 3D Project en DIGIT03, dat gefinancierd werd door Federaal Wetenschapsbeleid (BELSPO) en het Europese FP7 SYNTHESYS 3-programma.

Abonneren op Royal belgian Institute for natural Sciences News
Go to top