Pas de pauvreté génétique chez les derniers néandertaliens du nord-ouest de l'Europe

Les derniers néandertaliens de notre région, il y a un plus de 40 000 ans, se révèlent avoir été génétiquement assez diversifiés, une découverte qui remet en question l'idée selon laquelle la consanguinité et la dégradation génétique auraient été une cause majeure de leur extinction.

Une nouvelle étude génétique portant sur des néandertaliens tardifs découverts en Belgique et en France a permis d'aboutir à plusieurs conclusions remarquables. Premièrement : la plupart des néandertaliens du bassin de la Meuse et des régions voisines étaient plus étroitement apparentés entre eux qu'avec les néandertaliens tardifs d'autres régions d'Europe, ce qui indique des liens régionaux forts.

Deuxièmement : bien que les néandertaliens tardifs aient vécu à une époque où les premiers humains modernes (Homo sapiens) avaient déjà migré vers l'Europe, ce groupe de néandertaliens du nord-ouest de l'Europe ne montre aucun signe de métissage avec eux.

Et troisièmement : aucun indice ne suggère un déclin génétique progressif, une hypothèse pourtant souvent avancée comme cause principale de leur extinction.

Un bon génome à Goyet

Les chercheurs ont analysé les génomes de néandertaliens provenant de dix sites archéologiques, dont sept en Belgique, principalement dans le bassin de la Meuse. Cette région présente une forte concentration de sites contenant des restes de néandertaliens tardifs (ceux ayant vécu vers la fin de l'existence de cette espèce humaine), dont les grottes de Goyet et de Spy, près de Namur. L'ensemble de données comprend un nouveau génome à haute couverture provenant d'un individu des grottes de Goyet. Cette néandertalienne a vécu il y a environ 45 000 ans. « Jusqu'à présent, nous ne disposions que de quatre génomes néandertaliens de haute qualité et d'un nombre limité de génomes de qualité inférieure, ce qui rendait difficile de répondre à la plupart des questions sur la diversité régionale des néandertaliens », explique la première autrice, Alba Bossoms Mesa, de l'Institut Max Planck d'anthropologie évolutionnaire.

L'équipe a analysé l'ADN de 27 restes néandertaliens provenant de Belgique et de France, ce qui offre l'image la plus détaillée à ce jour de la diversité des néandertaliens tardifs du nord-ouest de l'Europe, peu avant leur disparition, il y a environ 40 000 ans.

Une population connectée mais diverse

De précédents génomes de haute qualité avaient montré que certains groupes de néandertaliens, en particulier ceux de la région de l'Altaï en Sibérie, vivaient dans de petites communautés génétiquement isolées, avec des traces de consanguinité. Mais chez les néandertaliens tardifs du nord-ouest de l'Europe, les chercheurs n'ont trouvé aucune preuve de ce type. Au contraire, « nos » néandertaliens faisaient partie d'une population régionale plus vaste et mieux connectée. « Les résultats de cette étude montrent que l'image qui se dégage de la Sibérie ne peut pas simplement être appliquée à tous les néandertaliens », explique Benjamin M. Peter, chef de groupe à l'Institut Max Planck d'anthropologie évolutionnaire. « Les néandertaliens tardifs du nord-ouest de l'Europe semblent avoir fait partie d'une population régionale connectée, plutôt que de vivre en petits groupes isolés avec des accouplements fréquents entre proches parents. »

Pas d'humain moderne comme arrière-arrière-arrière-grand-parent

L'étude révèle également une histoire démographique des néandertaliens plus complexe qu'on ne le pensait. « Les données génétiques montrent non seulement de la connectivité, mais aussi de la complexité », explique Mateja Hajdinjak, cheffe de groupe à l'Institut Max Planck d'anthropologie évolutionnaire. « La plupart des néandertaliens tardifs du nord-ouest de l'Europe sont étroitement apparentés au niveau de la population, mais certaines lignées révèlent une histoire néandertalienne beaucoup plus ancienne et plus diverse. »

Les néandertaliens de cette étude vivaient à une époque où les premiers humains modernes étaient déjà présents dans certaines régions d'Europe. On estime qu'ils ont coexisté avec les premiers humains modernes pendant jusqu'à 500 générations. Pourtant, les chercheurs ne trouvent aucune trace d'ADN humain moderne dans les génomes de ces néandertaliens tardifs. « Nos résultats viennent renforcer une asymétrie frappante », ajoute Bossoms Mesa. « Nous trouvons à plusieurs reprises une ascendance néandertalienne chez les premiers humains modernes (c'est-à-dire des humains modernes ayant, par exemple, un néandertalien comme arrière-arrière-arrière-grand-mère ou grand-père), mais jusqu'à présent, nous n'avons trouvé aucune preuve claire d'ascendance humaine chez les néandertaliens tardifs (c'est-à-dire un humain moderne comme ancêtre). » Il est possible que les humains et les néandertaliens aient eu des descendants principalement en dehors du nord-ouest de l'Europe.

Pas d'extinction due à une pauvreté génétique ?

La disparition des néandertaliens a souvent été associée à une petite taille de population, à la consanguinité et à l'accumulation de variants génétiques nuisibles. La nouvelle étude a testé cette théorie en comparant des mesures de diversité génétique et de charge génétique dans des génomes néandertaliens de différentes périodes et régions. Tous les néandertaliens présentaient de toute façon une diversité génétique très limitée, mais les chercheurs n'ont trouvé aucune preuve que les néandertaliens tardifs accumulaient de plus en plus de mutations nuisibles. Et le génome de haute qualité de la néandertalienne de Goyet ne présentait pas une diversité inférieure à celle des néandertaliens plus anciens.

Ces résultats n'excluent pas une vulnérabilité démographique, mais ils remettent en question l'idée selon laquelle les néandertaliens auraient surtout disparu en raison d'une dégradation progressive de leur génome. Les néandertaliens tardifs de Belgique et de France semblent plutôt avoir fait partie d'une population régionale connectée et génétiquement diverse, durant une période de profonds changements écologiques et démographiques.
 

D'anciennes collections sous un nouveau jour

« Cette étude démontre la puissance de l'ADN ancien (aDNA) pour révéler des variations chez les néandertaliens à une échelle bien plus fine qu'auparavant », explique la coautrice Janet Kelso, cheffe de groupe à l'Institut Max Planck d'anthropologie évolutionnaire. « Plutôt que de considérer les néandertaliens tardifs comme une population unique en déclin, nous devrions garder à l'esprit une image plus complexe de leur diversité régionale, de leur connectivité et de leur histoire démographique. »

Pas moins de sept sites en Belgique jouent un rôle dans la compréhension de ce qui est arrivé à ces populations tardives de néandertaliens. Bon nombre des restes, notamment ceux des grottes de Goyet et de Spy, sont conservés à l'Institut des Sciences naturelles depuis les années 1860.

L'étude a été publiée dans la revue Nature.

D'après un communiqué de presse de l'Institut Max Planck